Rintaro Okabe è uno studente universitario perso nelle sue fantasie adolescenziali, che trascorre le giornate progettando strane invenzioni insieme agli altri due membri del Laboratorio di Gadget Futuristici. La sua vita cambia drasticamente quando incontra la scienziata prodigio Kurisu Makise e scopre di aver costruito per puro caso una macchina del tempo...